Тот факт что судно не зарегистрировано не обяжет ГИМС зарегистрировать в отсутствии судового билета, т.е. только на основании Вашего договора.
Скорее всего это сделает суд, куда ГИМС Вас отправит с Вашим ДКП.
В конечном итоге все будет в Вашу пользу.
Выписка "иным документом", который в соответствии с законодательством Российской Федерации подтверждает наличие, возникновение, прекращение, переход, ограничение (обременение) прав документом не является