Вы можете использовать два мотора на одной лодке.
При этом если их суммарная мощность превышает допустимую мощность для маломерного судна, в судовом билете указывается что двигатели используются попеременно.
В этом случае налоговая база для транспортного налога будет вычисляться как сложение мощностей этих двигателей.
Например Вы используете Yamaha 50 HETOL и Tohatsu M 18 на своей лодке. Налоговая база в этом случае будет составлять 68 л.с. (50+18) даже если Вы двигатели используете попеременно (Письмо Министерства финансов России № 11-2-04/0355@ от 09.11.2012 г.).