На учет маломерное судно Вы можете поставить в любом отделении ГИМС РФ, независимо от прописки.
При этом, согласно действующему законодательству, снятие с учёта судна осуществляет подразделение ГИМС, осуществившее регистрацию.
Т.е. если Вы зарегистрируете его в Чите и потом решите продавать, подавать заявление об исключении гидроцикла из Реестра маломерных судов Вам нужно будет в читинскую ГИМС.
