Нужно в ГИМС подать заявление о регистрации в реестре маломерных судов судна, принадлежащего вам по праву собственности. Образец посмотрите здесь (Приложение №2). Также эти все заявления есть на информационных стендах в любой ГИМС.
При этом в разделе "Документ, который в соответствии с законодательством РФ подтверждает наличие, возникновение, прекращение, переход прав на судно" указываете ваш договор купли-продажи.
Если ГИМС откажет в регистрации, она должна выдать вам обоснованный письменный отказ. С ним вы отправитесь в суд с иском о признании собственности на маломерное судно и обязании ГИМС осуществить государственную регистрацию маломерного суда.