При чём здесь Российское законодательство? Я вам сказал на каких условиях ГИМС посчитает ваш договор основанием для регистрации данного судна на вас и, соответственно, снятия лодки с учета с прежнего собственника.
Без присутствия собственника ваш незаверенный договор для ГИМС - обычная бумага с рукописным текстом. Я думаю нетрудно понять почему в этом вопросе у них такая позиция: ничего не имеем против договоров в простой письменной форме, но удостоверьте свою личность.
Проблему, которую вы сами себе создали можно решить и другим способом, если собственник недосягаем, а ГИМС не воспринимает ваш договор. Пишете заявление на регистрацию лодки на основании ДКП. Получаете письменный отказ и с ним обращаетесь в суд с иском о признании права собственности на маломерное судно и обязании ГИМС зарегистрировать его на ваше имя.
Заявление о внесении маломерного судна в реестр маломерных судов можно подать в любом регионе, вне зависимости от того стояла там лодка на учете или нет и даже вне зависимости от того прописаны ли вы сами в этом регионе.